L’Institut Cristòfol Despuig ha participat en el projecte d’innovació educativa del programa de Biblioteca Escolar Puntedu promogut pel Departament d’Ensenyament.
El curs 2010-2011, amb el nom d’Institut de Tortosa, va compartir l’espai amb l’Institut de l’Ebre, des del curs 2011-2012 fins el curs 2014-2015 es situà a les instal·lacions de l’edifici Betània, amb el nom de Cristòfol Despuig. A partir del curs 2015-2016 s’ha instal·lat a Sant Llàtzer i comparteix espai amb l’Escola de Sant Llàtzer.
