El Reial decret 1291/1981 va suposar el traspàs a la Generalitat de Catalunya dels serveis de protecció i tutela de menors.
Dins d’aquest context, durant l’any 1983, el Departament de Justícia decideix adequar unes instal·lacions ubicades a la Partida de Rufea de Lleida, les quals s’havien utilitzat durant molt anys com a recurs per a atendre joves en la denominada Casa tutelar de San José. Neix d’aquesta manera el centre Granja Escola El Segre.
L’any 1990, el Departament de Justícia va decidir tancar el centre Granja Escola El Segre i edificar en el seu lloc un nou centre. Arran d’aquesta decisió, des del gener de 1991 fins a l’abril de 1992, es van executar les obres de construcció de l’actual centre.
Posteriorment amb data 30 de juny de 1997 es va signar un conveni de col·laboració entre el Departament d’Educació i el Departament de Justícia per regular el funcionament i el manteniment de les unitats docents en els centres educatius.
I finalment el Departament d’Educació va signar amb el Departament de Justícia, en data 13 de gener de 2005, un acord de cooperació per regular el funcionament i el manteniment de les unitats docents als centres educatius dependents de la Direcció General d’Execució Penal a la Comunitat Educativa i Justícia Juvenil. D’aquesta manera s’assegurava el dret a l’educació, garantit per l’article 27 de la Constitució Espanyola.
