L’INS de La Jonquera va començar les activitats docents el 19 de setembre de l’any 1996 amb noranta alumnes i nou professors ubicats en quatre mòduls prefabricats al costat de la piscina.
Durant més de vuit anys, el centre va augmentar en alumnat, professorat i també en mòduls. Finalment es va construir l’edifici de l’Institut i el trasllat es va fer durant el Nadal del 2004.
