El centre està situat al districte IX de la ciutat de Barcelona, que és el districte de Sant Andreu, integrat pels barris de Sant Andreu, La Sagrera, Congrés, Navas, Baró de Viver, Bon Pastor i Trinitat Vella.
El centre va començar a funcionar l’any 1985 com a extensió de l’ Institut de Batxillerat Sant Andreu, sota la denominació d’Extensió Barri Sant Andreu. Estava situat, de manera provisional, a l’edifici de l’Ateneu Obrer de Sant Andreu, al carrer de l’Abat Odó, i aquesta va ser la seva seu durant 6 anys mentre es contruïa l’actual edifici.
El curs 1991-92 es va inaugurar l’actual edifici, anomenat provisionalment IES Trinitat, i el curs 1992-93 el claustre va decidir donar-li el nom d’ IES Doctor Puigvert en honor d’Antoni Puigvert, l’emminent uròleg, la infantesa del qual està estretament lligada al barri on va viure quan era petit.
