- Antigament l’Escola de Navata (Alt Empordà) estava situada a la plaça Era de l’Obra.
- L’any 1954 el centre es va traslladar a l’actual edifici del dispensari del poble.
- El 1994 es van inaugurar les noves instal·lacions (edifici vermell).
- Actualment en aquesta part del centre hi ha les aules de cicle superior, informàtica, música, anglès i acollida matinal i de tarda, a més dels despatxos i la sala de mestres.
- Des del curs 1994-1995 el centre rep el nom d’Escola Joaquim Vallmajó, en record del missioner del poble que va dedicar la seva vida a ajudar els més desafavorits de la zona dels Grans Llacs a Rwanda.
- Com a conseqüència de l’augment d’alumnat, va ser necessari ampliar el centre. Així, el mes de setembre de 2007 es van estrenar les aules d’educació infantil i psicomotricitat (primera
fase d’ampliació – edifici verd). - El setembre de 2011 es van inaugurar les aules de suport i dels cicles inicial i mitjà, corresponents a la segona fase d’ampliació.
- Durant la primavera del 2012, es van començar a utilitzar la biblioteca, el menjador i el pavelló (lila) i la pista poliesportiva, finalitzant així la segona i definitiva fase d’ampliació de l’escola.
- El segell identificatiu de l’escola representa el mapa de Rwanda.
- El mes d’octubre de 2019, vàrem celebrar els 25 anys de l’edifici actual de l’escola.
