Des del començament del segle XIX, l’Ajuntament de Barcelona va mostrar interès en un camp educatiu on cap administració no dedicava atenció ni recursos: als infants amb discapacitat. La cessió de locals primer i, més endavant, la creació oficial d’escoles municipals, amb el nomenament dels corresponents mestres especialistes, va permetre crear l’embrió del que ja en ple segle XX serà l’Institut Vil·la Joana, que va assolir un alt nivell científic àmpliament reconegut.
El 1917 gràcies a l’impuls del president de la Comissió de Cultura, Manuel Ainaud, es van crear nous centres educatius i es van fer projectes innovadors en diverses etapes educatives. Fruit d’aquest impuls es va crear una escola conjunta amb seccions per a alumnat cec, sordmut i psíquic, amb la voluntat d’aplicar metodologies inspirades en els corrents pedagògics més innovadors.
El 1920 aquesta escola es va traslladar a Vil·la Joana (actual museu Verdaguer: http://ajuntament.barcelona.cat/museuhistoria/ca/muhba-villa-joana), on es va comptar amb laboratoris d’estudi i investigació en els quals van col·laborar els millors especialistes del moment: Pere Barnils, Alzina i Melis i Joan LLongueres.
El 1973 la institució Vil·la Joana es va traslladar a un nou edifici, un complex de cinc pavellons al mateix vessant de la muntanya a Vallvidrera.
Al novembre de l’any 2006 el CEE Vil·la Joana, després d’unes obres de remodelació de l’edifici, es va resituar a la seva ubicació actual a Vallvidrera.
La institució va continuar al llarg del segle XX i fins a l’actualitat, adaptant-se a les necessitats educatives de l’alumnat i actualment s’especialitza en l’atenció d’infants i adolescents amb trastorns mentals greus.
