• Antigament l’Escola de Navata (Alt Empordà) estava situada a la plaça Era de l’Obra.
• L’any 1954 el centre es va traslladar a l’actual edifici del dispensari del poble.
• El 1994 es van inaugurar les noves instal·lacions (edifici vermell).
• Actualment en aquesta part del centre hi ha les aules de cicle superior, la biblioteca, l’aula d’informàtica, de música i anglès, l’aula de plàstica, l’aula d’acollida, els despatxos i la sala de mestres.
• Des del curs 1994-1995 el centre rep el nom d’Escola Joaquim Vallmajó, en record del missioner del poble que va dedicar la seva vida a ajudar els més desafavorits de la zona dels Grans Llacs a Rwanda.
• Com a conseqüència de l’augment d’alumnat, va ser necessari ampliar el centre. Així, el mes de setembre de 2007 es van estrenar les aules d’educació infantil i psicomotricitat (primera fase d’ampliació – edifici verd).
• El setembre de 2011 es van inaugurar les aules de suport i dels cicles inicial i mitjà, corresponents a la segona fase d’ampliació.
• Durant la primavera del 2012, es van començar a utilitzar la biblioteca, el menjador, el pavelló i la pista poliesportiva, finalitzant així la segona i definitiva fase d’ampliació de l’escola.
• El segell identificatiu de l’escola representa el mapa de Rwanda.

• El mes d’octubre de 2019, vàrem celebrar els 25 anys de l’edifici actual de l’escola.