L’Institut S’Agulla va iniciar les seves activitats educatives el 1992, coincidint amb l’inici de la implantació de la LOGSE. Si bé en un primer moment va estar en instal·lacions provisionals, des del curs 2001-2002 s’ubica finalment en un edifici de nova construcció.
Des dels seus origens, s’imparteixen els estudis d’ESO i de Batxillerat. Els de Formació Professional, per la seva part, arrenquen en el curs 2004-2005 per acabar de consolidar la seva oferta formativa al llarg dels tres cursos posteriors.
A partir del curs 2011-2012 el centre incorpora un Suport intensiu escolarització inclusiva (SIEI). Aquest recurs té per objectiu facilitar l’atenció educativa, i promoure la participació en un entorn escolar ordinari, de l’alumnat amb discapacitats intel·lectuals i de desenvolupament.
