L’Institut el Pedró de l’Escala va néixer el curs 1978-1979 com a Secció de Formació Professional de l’IES Narcís Monturiol de Figueres. S’hi impartien ensenyaments de primer grau de la branca Administrativa i Comercial. El curs 1991-1992 el centre va començar l’experimentació de la Reforma Educativa impartint el tercer curs de l’ESO. Els anys següents es va continuar amb quart d’ESO i primer i segon de Batxillerat de les modalitats de Ciències de la Natura i de Ciències Socials. Aquests ensenyaments es van anar consolidant i de centre experimentador es va passar a ser un centre anticipat a la implantació de la Reforma, situació que es va mantenir fins que a partir del curs 1996-1997 es va anar generalitzant el nou sistema educatiu progressivament des dels primers cursos dels dos cicles de l’ESO i el curs 1998-1999 es van generalitzar també els ensenyaments de batxillerat. En el curs 1996-1997 la Secció de Formació Professional va esdevenir Institut d’Ensenyament Secundari.
En el moment actual el centre està autoritzat per a impartir Ensenyament Secundari Obligatori i Batxillerat de les modalitats d’Humanitats i Ciències Socials i Ciències i Tecnologia. Compta generalment amb quatre línies per a l’ESO i dues per al Batxillerat. Cada curs el nombre d’alumnes matriculats està al voltant dels cinc-cents. La procedència d’aquests alumnes és majoritàriament de l’Escala, procedents de les Escoles Empúries i l’Esculapi. Hi acudeixen també alumnes de la zona que el Departament d’Ensenyament ha definit com a àrea depenent del centre i que comprèn els municipis de Saus, Camallera, Sant Mori, Ventalló, Viladamat i Vilaür. El Consell Comarcal de l’Alt Empordà gestiona el servei de transport per als alumnes desplaçats del seu municipi de residència mentre cursen ESO.
