L’escola es va fundar l’any 1988. El 21 de juny de 1992, amb motiu del Dia Mundial de la Música i el Festival de fi de curs de l’escola, es va fer un homenatge al mestre i compositor Issi Fabra, fill de la Vila de Puigcerdà. Per aquest fet l’escola porta el seu nom.
Des de l’any 1998 està reconeguda pel Departament d’Ensenyament de la Generalitat de Catalunya amb el codi 17007749.
Els estudis reglats que ofereix l’escola són: Els 4 cursos de Nivell Elemental i 2 cicles de 2 cursos de Nivell Professional. A partir del curs 2015-2016 amb la signatura del conveni per part de la Generalitat de Catalunya del Conservatori dels Pirineus, els alumnes que accedeixin al Grau Professional tindran certificació acadèmica oficial.
L’Escola Municipal de Música Issi Fabra de Puigcerdà ofereix poder adquirir coneixements musicals sense límits d’edat.
