Fa pocs dies, la Clara López de 2n de batxillerat, va presentar el seu Treball de Recerca sota el títol “Molecular Docking: un mètode computacional pel disseny d’enzims”. Un treball que li va obrir les portes a participar al Jove Campus de recerca de la UdG i a fer un curs de microbiologia a la UAB. Una oportunitat única que la Clara va saber aprofitar, un exemple del que pot arribar a aportar un bon Treball de Recerca si et mous i tens ganes de treballar. Els alumnes de primer de batxillerat que aviat hauran d’escollir el seu treball el poden agafar d’exemple. Felicitats Clara.
En el seu treball, la Clara analitza tres enzims de manera computacional, l’HG1, l’HG3 i el HG3.17. Bàsicament aquests perquè se n’han estudiat molt pocs i l’estudi era interessant per l’evolució dirigida que s’hi va fer a l’HG1 per acabar obtenint el HG3.17. Per analitzar-los va utilitzar PyMol, una eina que s’utilitza bastant en el camp computacional d’enzims. Li va costar bastant de saber utilitzar perquè tot era en anglès i la informàtica era nova per ella. Després d’analitzar els 3 enzims amb el seu substrat corresponent (6-nitrobenzotriazol) va veure que era una aplicació massa visual i subjectiva. Aleshores va utilitzar Jupyter Dock, una aplicació que li donava els resultats que hauria d’haver obtingut al PyMol ( va aprofitar per fer la comparació de tots els enzims amb les 2 aplicacions). També donava mapes d’interaccions en 2D (entre els residus de l’enzim i el substrat) i valors d’energia que es requeria perquè l’enzim pogués reaccionar. Va analitzar les diferents interaccions que hi havia al centre actiu de cada enzim, i llavors va comparar les diferents energies ( eren sistemes exotèrmics, per tant, l’energia que va obtenir era negativa), d’aquesta manera va poder comparar els 3 enzims i entendre perquè l’enzim HG1 era menys eficaç que l’HG3 o l’HG3.17.
|
|
|
|
