Els inicis de l’escola es remunta a l’any 1977, amb la creació de l’Escola Can Mercader, al Parc de Can Mercader. Aquell primer centre va néixer fruit de la necessitat d’algunes famílies del municipi d’escolaritzar els seus fills amb diversitat funcional.
Aquestes famílies van sol·licitar a l’Ajuntament la creació d’un centre escolar específic per poder atendre les necessitats educatives d’aquesta població. Després de constituir un patronat municipal que s’encarregaria de donar vida i desenvolupar el projecte, l’Ajuntament va proporcionar l’edifici i els equipaments necessaris per atendre, inicialment, aproximadament 40 alumnes.
El 1987, l’escola va canviar la seva ubicació original i es va traslladar al barri de Sant Ildefons (on trobem la seu actual). En concret, va ocupar un edifici corresponent a un antic parvulari anomenat “Virolai”, del qual l’Escola d’Educació Especial conserva el seu nom des de l’any 2005.
Anys més tard, concretament a 1988, l’Escola Can Mercader va passar a ser responsabilitat de l’IME (Institut Municipal d’Educació) i, actualment, la seva titularitat correspon al Departament d’Educació de l’Ajuntament de Cornellà.
Des del seu naixement fins a l’actualitat, el centre ha incrementat el nombre d’alumnes i, com a conseqüència, l’equip que hi treballa. L’experiència professional de tots aquests anys i la implicació familiar a la comunitat educativa, ha posat les bases perquè aquest sigui un centre de referència quant a l’atenció a les necessitats educatives especials a la comarca del Baix Llobregat.

