L’escola Gonçal Comellas es troba a Avinyonet de Puigventós, un municipi situat gairebé al centre geogràfic de la comarca  de l’Alt Empordà, a la província de Girona. Ocupa una extensió aproximada de 12,3 km², amb un perímetre de 18.657,10 m, i es troba a 70 m d’altitud. Limita al nord amb el municipi de Llers, a l’est amb el de Vilafant, a l’oest amb el de Vilanant i al sud amb Borrassà i Ordis. Es tracta d’un lloc de pas obligat entre les comarques de l’Alt Empordà i la Garrotxa, ja que la carretera A-26, de Figueres a Besalú i Olot, travessa el terme en direcció est-oest.

Avinyonet es troba just a la confluència del riu Manol amb el riu Rissec. El seu relleu és més muntanyenc al nord, on trobem l’espai la Garriga d’Empordà, amb el seu punt més alt al puig Ventós. En canvi, més al sud, el seu relleu es caracteritza pel predomini d’unes formes suaus. A part del nucli antic i de la urbanització Mas Pau, separats per la carretera A-26, Avinyonet té agregat el nucli de Santa Eugènia, a més de nombrosos masos dispersos.