Una de les característiques del servei Àgora és que no permet l'accés FTP. Per tant, no es poden instal·lar mòduls ni temes i, a més, l'única via per pujar fitxers més grans que la mida permesa (10MB) és accedir al portal de gestió amb un usuari/ària gestor i utilitzar les eines corresponents (per exemple, en el cas de Moodle, l'apartat "Enviament de fitxers grans al Moodle").
A més, Àgora tampoc permet l'accés directe a les bases de dades (com ho permetien altres serveis com ara phobos). Per aquest motiu, per moure continguts a altres espais caldrà utilitzar els mecanismes d'importació/exportació que ofereixen les eines. De nou, a mode d'exemple, amb les còpies de seguretat i les restauracions es poden copiar cursos Moodle a altres espais.