Hola de nou en contesto a mi mateix.
Pel que sembla Google inhabilitarà els complements NAPI a partir de la versió 45 de Chrome, per tant no se si val la pena l'esforç d'intentar que funcioni les apletts de Java.
https://support.google.com/chrome/answer/6213033
També he trobat una suggerència/recomanació a sobre el tema que donen els companys de l'Institut Europa (Bellvitge) per facilitar el funcionament aplets java:
Toni