L’Institut Joan Amigó participa en el programa Salut i Escola des del curs 2000-2001. El Departament de Salut ha designat una infermera que realitza diverses actuacions al centre, en coordinació amb els equips docents:
- Servei de consultes anònimes per a l’alumnat un dia a la setmana.
- Realització de xerrades i tallers sobre sexualitat, alimentació, hàbits tòxics, salut mental infantil i juvenil, a les hores de tutoria.
- Orientació de l’equip de tutors en l’enfocament de l’educació per a la salut.
