El curs 2006-2007 el nostre centre va iniciar, dins del mateix Institut Joan Guinjoan de Riudoms, la singladura que el portaria a ser l’Institut Fontanelles de Les Borges del Camp.
Es planificà per descongestionar aquell institut i aportar més proximitat a l’alumnat, no només física, sinó també emocional i educativa amb el nom provisional d’Institut Baix Camp Nord. Es va emprar la fórmula del desglossament. Es començà amb 3 grups de primer d’ESO i 74 alumnes.
El 3 de setembre de 2007 va entrar en funcionament el nou edifici, a la població de Les Borges del Camp. Hi ha construïts uns 4000 m2 a l’espera del seu acabament.
El 19 de gener de 2008 el Sr. Ernest Benach i Pascual, Molt Honorable expresident del Parlament de Catalunya que va inaugurar el centre.
El 12 de novembre de 2013 es va inaugurar la Biblioteca del centre amb el nom de Sr. Ferran Jové i Hortoneda.
Actualment, l’Institut Fontanelles ja ha donat servei a més de 1000 alumnes en els seus ensenyament d’ESO fonamentalment de les 10 poblacions de zona: Les Borges del Camp, Alforja, Riudecanyes, Botarell, Riudecols, L’Aleixar, Maspujols, Vilaplana, Duesaigües i l’Argentera i han realitzat els seus estudis a les escoles:
Escola Rocabruna de Les Borges del Camp
Escola Josep Fusté d’Alforja
Escola Sant Mateu de Riudecanyes
Escola Mare de Déu de la Candela de Botarell
Escola Mare de Déu del Roser de Riudecols
Escola Teresa Salvat de l’Aleixar
Escola Maspujols de Maspujols
Escola Cingle Roig de Vilaplana
Escola Puigmarí de Duesaigües
Pels estudis de Batxillerat el centre acull també entre d’altres alumnat del SIN Montsant que comprèn pobles del Baix Camp i Priorat: Cornudella del Monsant, Ulldemolins, Prades, La Morera del Montsant, Pobleda, Escala dei, Cornudella, Capafons i Arbolí.